为了防范禁卫军水师从秦淮河再次进攻，袁崇焕抽调了足足三万军队，在江东门到秦淮河之间修筑了多达三处营垒，并在距离秦淮河的营垒中设置炮台，抽调火炮近百门，用以封锁秦淮河水面。
袁崇焕军中本就有火炮，又从外城各城门缴获不少火炮，都搬运到了炮台。
为了修筑营垒炮台，下令拆了外城多处宅院，其中不少宅院属于刚刚投效袁崇焕的勋贵或士绅，不过这些宅院主人都表示理解和支持。毕竟若是袁崇焕失败，这些刚刚投效的勋贵也没有好下场，相反若是袁崇焕成功攻占整个南京，扶持朱由崧登基，他们得到的好处远不止几座宅院。
袁崇焕动作很快，修筑炮台搬运火炮只用了两天时间。李彦直得到消息再次派兵乘船来袭时，在秦淮河中的船队遭到了猛烈的炮火袭击，一艘江船被击沉，两艘江船被重创，士兵损失数十人，眼看再继续向前损失太大，领兵的张煌言果断下令撤兵。
不过李彦直水师火炮数量更多威力更大，其中光是红夷大炮就有百门之多，比拼火力丝毫不怕！李彦直下令，把红夷大炮从海船上卸下二十余门，运到距离反贼营垒两里处，准备对反贼炮台展开反攻。
反贼的火炮大都是普通的佛郎机、碗口铳、虎蹲炮，有些甚至是洪武年间的火炮，无论射程还是威力都远不如红夷大炮。双方炮战结果将可想而知。
但即便是红夷大炮，命中率也低得可怜，炮战必然耗费时日，并非短时间能够出现结果。
除了设置营垒炮台封锁禁卫军水师袭扰路线以外，袁崇焕把主要精力放在了经略外城、准备攻城事宜上。
南京内城太过坚固，袁崇焕并没有急着攻城，而要做好充足的准备。
在张溥钱谦益的支持下，整个外城的士绅士子都被动员了起来，再加上投效的勋贵们，大半个南京城的上层都选择了支持袁崇焕。
袁崇焕也选择了充分放权，大量任用投效的士子士绅勋贵，同时下了一道命令，外城所有人
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